Enschede Boys en Sportclub Enschede fuseerden in 1965 tot FC Twente. De fusie was destijds de enige manier om het profvoetbal in Enschede in stand te houden.
In 1965 eindigde FC Twente op de elfde plaats in de Nederlandse Eredivisie aan het einde van het eerste seizoen. FC Twente veranderde van koers onder leiding van Hilbrink, Olieve en Iliohan. Samen met de nieuwe manager nam de jeugdige en ambitieuze Kes Reivers het besluit om verschillende nieuwe, hooggekwalificeerde spelers aan het team toe te voegen, samen met een aantal jonge lokale spelers.
Met de hulp van Spitz Kon en manager Kes Reivers stelde FC Twente een goed uitgebalanceerd team samen. Reivers wist het team bij elkaar te houden met discipline als belangrijkste drijfveer. Toen FC Twente in het seizoen 1968-1969 voor opschudding zorgde in de Eredivisie, werd duidelijk dat dit de weg naar succes was. Het grootste deel van het seizoen streed de ploeg uit Enschede om de titel. Kes Reivers is nog steeds ambitieus en FC Twente lijkt een veelbelovende toekomst tegemoet te gaan. In de jaren zeventig zette de club zijn snelle groei voort en tot op de dag van vandaag staat FC Twente aan de top van de ranglijst.
Ook in het Europese voetbal heeft FC Twente een lange geschiedenis. FC Twente bereikte in het seizoen 1970-1971 de kwartfinales van de UEFA Cup, maar Juventus bleek na verlenging een te sterke tegenstander. Twee jaar later bereikte FC Twente de halve finale van de UEFA Cup, waar het opnieuw tegen Juventus moest spelen. FC Twente plaatste zich voor de finale, waar het tegen Borussia Mönchengladbach moest spelen, na zowel thuis als uit te hebben gewonnen. De Duitsers wonnen uiteindelijk met 5-1 thuis en wonnen de beker nadat de eerste wedstrijd in een 0-0 gelijkspel was geëindigd.
De langverwachte eerste trofee kwam in 1977, toen FC Twente https://znaki.fm/nl/teams/fc-twente/ met 3-0 van Zwolle won en daarmee de Nederlandse beker veroverde. Aan het einde van de jaren zeventig had FC Twente echter moeite om aan de top van de competitie te blijven. FC Twente maakte een moeilijke periode door in de jaren tachtig, nadat de uitstekende reeks niet kon worden voortgezet. De slechtste dag in de geschiedenis van FC Twente is nog steeds 14 mei 1983, toen degradatie een feit werd.
Fritz Korbach nam in juli 1983 het roer over als manager met een heel duidelijk doel voor ogen: FC Twente terug naar de top brengen. De terugkeer naar de Eredivisie werd mogelijk gemaakt door een reeks overwinningen in de eerste divisie, die culmineerde in een nederlaag tegen kampioen MVV. Het doel werd bereikt, want het gemiddelde aantal toeschouwers van 12.400 was een record voor de eerste divisie.
Onder leiding van Theo Vonk wist FC Twente eind jaren tachtig langzaam weer terug te keren naar de Eredivisie. De ploeg uit Enschede groeide en eindigde drie seizoenen op rij als derde in de competitie. Het 25-jarig jubileum in 1990 werd beloond met een plaats in de competitie die hen het recht gaf om het volgende seizoen in de Europese competities te spelen.
Hans Meyer werd in 1996 aangekondigd als de nieuwe trainer van FC Twente. Meyer stelde een nieuw team samen dat succesvol was. Hij trad aan tijdens een seizoen dat nooit zal worden vergeten. Terwijl FC Twente aanzienlijke vooruitgang boekte in de Eredivisie en het nieuwe Arke Stadion in mei 1998 werd geopend, stroomden steeds meer fans naar het stadion De Dikman. FC Twente liet Nederland zien dat het een formidabele club was met een gloednieuw stadion, een sterk team, een uitstekende jeugdopleiding en geweldige supporters. In Rotterdam vieren 35.000 fans de bekerzege.